Реализация Великого Плана Ситхов подходила к логическому завершению-генерал Гривус готовил вторжение на Корусант, а Дарт Сидиус-аргументы для привлечения на свою сторону Энакина Скайуокера. Однако, в дело вмешался случай и колесо истории необратимо изменило своё направление.
   Ниточка, ведущая к Палпатину, была нащупана Скайуокером и Кеноби на Кейто-Неймодии-им попал в руки стул Нута Ганрея с вмонтированным в него голопередатчиком, в памяти которого были обнаружены записи переговоров с загадочным Владыкой Ситхов. Первая часть расследования была проведена вышеупомянутыми джедаями, вторая же Мейсом Винду на Корусанте, приведя его в элитный дом 500 и к личности, стоящей за гражданской войной в Галактике-Верховному Канцлеру Республики Шиву Палпатину.
   При попытке ареста Дарта Сидиуса в первые секунды погибли магистры Аген Коллар, Сэси Тийн и Коулман Ккай, сам же Владыка Ситх потерпел поражение в поединке с Винду и выпрыгнул из окна своего кабинета, спасшись при падении с помощью Силы. Верховный Канцлер бежал с Корусанта, скрывшись от преследователей, а когда оказался за пределами планеты первым делом отменил бесполезное уже вторжение в столичный мир и отдал приказ 66.
   Приказ 66 имел частичный успех, так как известие о разоблачении Палпатина и отстранении его от должности срочно собравшимся Сенатом начали разносить СМИ, официальные и неофициальные каналы связи по Галактике. Он был выполнен в основном частями Великой Армии Республики, находившимися во Внешнем Кольце и не успевшими узнать о произошедших событиях. Тем не менее, большая часть Джедаев была уничтожена.
    Новым Верховным Канцлером вновь стал Финис Валорум, за которого проголосовали большинство сенаторов. Произошли перемены и в Ордене — в связи с катастрофическим уменьшением числа рыцарей Ашлы Высший Совет Джедаев отменил традиционный целибат(безбрачие).
   Тем временем Дарт Сидиус, благополучно добравшись до миров КНС, объявил  о создании на основе бывшей Конфедерации Империи Ситхов. Её столицей стала планета Раксус-Секундус. Кроме того, Палпатин официально отменил Правило Двух и начал интенсивный набор в Орден Ситхов, объединив под своим знаменем джедаев-отступников, Пророков Тёмной Стороны и представителей других тёмных культов, заодно основав Академию Ситхов на Коррибане. В обстановке максимально возможной секретности по его приказу было начато строительство Звезды Смерти - боевой станции, вооружённой орудием, способным уничтожать целые миры.
  На просторах же Галактики продолжала полыхать война. Части клонов, выполнившие приказ 66, перешли на сторону Империи Ситхов, обратив оружие против своих бывших товарищей. Республика срочно формировала новые части, как из числа последней трёхмиллионной партии клонов, заказанной Палпатином, так и из обычных людей. А Джедаи вместе с оставшимися верными клонами продолжили бои, пытаясь создать новый фронт на месте рассыпавшегося, противостоя интригам Дарта Сидиуса, занявшегося привлечением на свою сторону миров Внешнего Кольца…